Viron ylivoimaisesti suurin lentokenttä on Tallinnassa. Lähes kaikki Viroon suuntautuvat reittilennot laskeutuvat Tallinnan lentokentälle.
Viron toiseksi suurimmassa kaupungissa Tartossakin on kuitenkin lentokenttä, jonne Finnair tarjoaa suoria lentoja. Tämä on kuitenkin Tarton lentokentän ainoa reittilento.
Lisäksi Viron kesäpääkaupunki Pärnussa on pieni lentokenttä, jonne on kesällä 2023 reittilentoja Helsingistä.
Saarenmaalla Kuresaaressa on myös lentokenttä, jonne on lentoja Tallinnasta.